1992年12月28日，广州市地下铁道总公司成立。

1993年12月28日，地铁一号线动工。

1997年6月28日，地铁一号线西湖至黄沙首段5站开通试运行。

1998年7月28日，地铁二号线试验段动工。

1999年2月16日，地铁一号线全线开通观光运行。

1999年6月28日，地铁一号线全线开通商业运营。

1999年8月11日，总公司召开企业改革动员大会。

2000年3月30日，海珠广场站封顶，成为二号线首个封顶的车站。

2000年8月31日，二号线设备采购中最大的招标项目（合同总金额为15.4亿元人民币）-车辆采购合同正式签定。

2000年10月31日，一号线环境保护设施通过国家验收，成为国内第一条通过国家环保验收的地铁线。

2000年12月19日，二号线屏蔽门供货合同签定，二号线成为我国内地第一条使用屏蔽门系统的地铁线。

2001年3月24日，地铁一号线通过国家竣工验收。

2001年12月26日，地铁三号线试验段动工。

2002年8月28日，IC卡系统在广州地铁一号线全线16个车站正式投入使用。

2002年10月11日，广州至佛山段项目试验工程在佛山市魁奇路站动工。

2002年12月29日，地铁二号线三元里至晓港首段九站八区间开通试运行。

2003年4月13日，中共中央总书记、国家主席胡锦涛在省市领导张德江、蔡东士、林树森、梁国聚、张广宁及公司领导卢光霖、孙文泉等的陪同下乘坐了广州地铁，对广州地铁的运营服务等工作表示满意。

    2004年1月23日，中央政治局常委李长春在市委书记林书森、市长张广宁的陪同下，从观众地铁二号线新港东站乘坐地铁至中大站，对广州地铁的建设规划和运营表示满意。

2004年4月15日，亚奥理事会考评团成员在省市领导许德立、张广宁等的陪同下考察了广州地铁，对广州地铁的运营服务工作表示满意。

2004年6月11日，广州地铁二号线荣获首届全国十大建设科技成就奖。

2004年9月24日，中共中央政治局委员、国务院副总理曾培炎在省市领导黄华华、林树森、张广宁等的陪同下视察并乘坐了广州地铁一、二号线。

2004年11月12日，广州地铁总公司申请的《地铁屏蔽门》专利正式获得国家知识产权局授予实用新型专用权。这是该公司自1992年成立以来获得的第一项实用新型专利权。