南京地下铁道有限责任公司运营分公司是负责南京地铁运营工作的实体，隶属于南京地下铁道有限责任公司。运营分公司的成立，为进一步加快南京市轨道交通建设，更好地促进轨道交通项目的良性滚动发展，提供了必备的运营平台和条件。

　　在南京市委市政府各级领导的关心和支持下，2003年12月31日上午，南京地下铁道有限责任公司运营分公司在小行车辆基地正式挂牌成立，它的成立在南京轨道交通发展史上具有里程碑的意义，标志着已经走过三年多建设历程的南京地铁运营工作的全面启动，标志着一个充满朝气、前景辉煌的朝阳企业的扬帆远航，标志着南京地铁的发展又进入了一个新的阶段。

　　运营分公司是模拟市场化运作，内部独立核算的企业，公司根据“适应市场经济要求，产权清晰、权责明确、政企分开、管理科学”的现代企业制度的要求，实行总经理负责制，设有客运部、车辆部、物资设施部、计划财务部、人力资源部、技术部、安全保卫部、办公室（党政合署）等职能部门，各部门分工协作，全面承担着公司的运营和管理工作。

　　运营分公司成立后首先接手运营的项目为南京地铁一号线一期工程，主要负责地铁一号线的运营工作,包括运营管理、列车运行、控制监督、员工培训及对土建设施、车辆和运营设备的保养、维修等。地铁开通后运营分公司直接面向市民，将成为南京地铁与市民直接交流的一个重要窗口。